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PHPのnumber_formatみたいにSQLレベルで数値にカンマを入れる関数を調べたらFORMATという関数でありました。
使い方はPHPと同じような感じで以下で設定できます。
SELECT FORMAT(column_name, 小数点以下の桁数) FROM table_name;
MySQL5.7 Document
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/string-functions.html#function_format
